Слизова оболонка вистелена одношаровим призматичним, або циліндричним, миготливим епітелієм та має численні поздовжні складки (plicae tubariae). Епітелій слизової оболонки включає клітини двох типів: війчасті і секреторні. Вії епітелію мерехтять у бік матки.
Слизова оболонка (ендометрій), tunica mucosa (endometrium). Покрита циліндричним епітелієм, містить залози. Зазнає змін протягом менструального циклу.
Стінка маткової труби складається з трьох оболонок: слизової, м'язової та серозної. Слизова оболонка має численні поздовжні складки (plicae tubariae).
Клітинний склад епітелію маткових труб ідентичний такому епітелію ендометрію, в ньому також виявляються секреторні та війчасті клітини. Відмінність стосується кількісного співвідношення клітин – маткових трубах відзначається переважання війчастих клітин [16].