Їхніми природними ворогами є лисиця, куниця, ласка, хижі птахи (сови, канюки та ін.). Кроти хворіють на туляремію, піроплазмоз; страждають від паразитичних хробаків, бліх, кліщів. Тривалість їхнього життя – 4-5 років.
Нерідко, кроти самі виступають як їжа для своїх природних ворогів – лисиць, куниць та хижих птахів, проте інших, більш розбірливих м'ясоїдних, відлякує їхній мускусний дух.
У цих тварин дуже тонкий нюх, тому вони не люблять різких запахів. Необхідно засадити грядки з цибулею та часником, у цій зоні тварини не з'являться. Шкідники також не люблять запахи календули, хризантем та чорнобривців. Також звірятко ненавидить запах валеріани, нарцисів.
Хімічний метод знищення кротів на ділянці передбачає використання спеціальних отрутохімікатів. Вони спеціальним способом поміщаються в нори і, з'єднуючись із землею та повітрям, починають виділяти отруйний газ, що заповнює ходи та нори. Загибель не миттєва, але є обов'язковою.