Хромосома містить трохи більше 86 генів, які кодують 23 білки. Найбільш значущим геном на Y-хромосомі є ген SRY, що є генетичним «включачем» у розвиток організму за чоловічим типом. Ознаки, успадковані через Y-хромосому, звуться голандричних.
Y–хромосоми – це чоловічі статеві хромосоми, які передаються від батька до сина; вони можуть бути важливими для чоловічої фертильності та визначення статі у багатьох видів.
У жінок по дві Х-хромосоми, Вони забезпечують розвиток організму за жіночим типом. Коли у жінки дозрівають яйцеклітини, у яких потрапляє половина генетичного матеріалу. Тобто яйцеклітини містять лише одну Х-хромосому.
Довгий час вважалося, що Y–хромосома відповідає лише за чоловічу статеву систему, але виявилося, що в ній містяться гени, які працюють і в інших тканинах та органах. Є гени, робота яких залежить, у тому числі від того, скільки їх копій існує у геномі.