Входить до складу об'єкта Світової спадщини ЮНЕСКО «Озеро Байкал». Найбільш численні у заказнику водоплавні птахи, особливо у період сезонних міграцій та гніздування. Тут гніздяться кряква, шилохвість, широконоска, червоноголова чорніти.
Однією з найважливіших завдань заповідника є охорона непорушених кедрових лісів. В даний час заповідник служить еталонною територією з метою оцінки впливу аэропромвыбросов промисловості Південного Сибіру на лісові екосистеми.
Фауна Байкальського заповідника Лисиці частіше зустрічаються біля озера Байкал та поблизу річки Темник. У заказнику водиться рись, соболь, видра, східна нірка, ласка та інші представники сімейства куньих. Крім того, на території природного комплексу мешкають олені, косулі та кабани.
На сьогоднішній день служба охорони ФДБО «Байкальський державний заповідник» – це 7 мобільних, оснащених транспортом високої прохідності, сучасними засобами зв'язку та технікою фіксації (відеокамери, фотоапарати, GPS навігатори, єгерські відеореєстратори та ін.) оперативних груп.