Серед побічних ефектів виділяють: запаморочення, головні болі, нудоту та блювання, болі в молочних залозах та ін. Необхідно брати до уваги, що наявність таких побічних ефектів, як блювання та нудота, здатна суттєво знизити ефективність препарату.
Немає даних про те, що часте використання екстреної контрацепції може завдати шкоди, зокрема призвести до безпліддя.
Засоби екстреної контрацепції або гальмують овуляцію, запобігаючи заплідненню, або перешкоджають закріпленню заплідненої яйцеклітини в матці. Крім того, після прийому деяких препаратів збільшується в'язкість слизу шийки матки, що знижує активність та рухливість сперматозоїдів.
Всі гормональні контрацептиви працюють загалом за одним і тим же принципом: пригнічують овуляцію та/або не дають яйцеклітині закріпитися на поверхні слизової оболонки матки. Це відбувається за рахунок того, що в організм постійно надходить невелика кількість синтетичних статевих гормонів.