Домінуючий вид – епішура байкальська (Epischura baicalensis) Е. baicalensis – ендемік Байкалумешкає у всій водній товщі озера пелагіалі протягом усього року.
У водах Байкалу мешкає тваринний світ з великою кількістю ендемічних видів. За науковими даними з 1200 мешканців озера близько 800 є ендеміками. Зі ссавців це байкальська нерпа – єдиний вид прісноводного тюленя, який у світі більше ніде не зустрічається.
Омуль – головна риба ендемік Байкалу. Він відноситься до осетрових і має досить великі розміри, півметра завдовжки і до 5 кілограмів ваги. Усього на Байкале мешкають 4 різновиди омулів – чивиркуйський, селенгінський, посольський та північнобайкальський.