В описі вторинної структури важливим є визначення водневих зв'язків, які стабілізують окремі фрагменти макромолекул
Вторинна структура ДНК є двома паралельними нерозгалуженими полінуклеотидними ланцюгами, закрученими навколо загальної осі в подвійну спіраль. Така просторова структура утримується безліччю водневих зв'язків, що утворюються азотистими основами, спрямованими всередину спіралі.
Вторинна структура білка – це впорядкована будова поліпептидних ланцюгів, обумовлена водневими зв'язками між групами С=О та N-H різних амінокислот.
Пептидні зв'язку поліпептидного ланцюга містять групи С=О та N–H, здатні утворювати внутрішньомолекулярні водневі зв'язку – Основний тип нековалентних взаємодій, що стабілізує елементи вторинної структури.