Незважаючи на зусилля з підвищення обізнаності, целіакію часто плутають з іншими розладами, пов’язаними з глютеном, наприклад чутливість до глютену без целіакії (NCGS) або алергія на пшеницю. Обидва здаються схожими на целіакію, але є різними станами.
Люди, у яких розвивається целіакія пізніше в житті, можуть їсти глютен протягом багатьох років, не маючи негативної реакції. Дослідження показують, що зміна може бути викликана організм досягає своєї точки розриву після того, як все життя вживав глютен. Стрес та інші умови навколишнього середовища також можуть бути частиною змін.
Деякі люди не мають шлунково-кишкових скарг і явних симптомів, або їхні симптоми настільки ледь помітні, що вони ніколи не згадують про них своєму лікарю. Оскільки симптоми можуть бути легкими, люди з целіакією часто не діагностуються багато років.
Можливе отримання хибнопозитивного результату дослідження тканинної трансглутамінази; наприклад, тимчасовий глютеновий аутоімунітет може призвести до того, що у пацієнтів буде позитивний рівень тканинної трансглютамінази, але целіакії не буде.