Засновником цього неповторного, загадкового міста був карабаський хан Панахалі хан Джаваншир. Після смерті Надір-шаха в 1747 році, оголошений ханом Панахалі-бек, з метою захисту Карабахського ханства від нападів ворогів, вирішив звести неприступну фортецю.
Фортеця була побудована в середині XVIII століття Панах-Алі ханом за допомогою свого союзника вірменської мілиці Шахназара для захисту Карабахського ханства та спочатку називалася Панахабад.
Зачарований місцевою природою, хан нібито сказав собі: «Що за прекрасне місце, яке тут чисте та прозоре повітря, начебто зі скла (азерб. şüşə). Тут можна заснувати чудове місто». Так і сталося — за розпорядженням Панах-хана в цьому місці було засноване місто під назвою Шуша.
Стратегічне значення Шуші очевидно, і саме про нього передусім говорять вірменські коментатори. "Шуша – це важливий стратегічний пункт, який, по-перше, забезпечує контроль над Степанакертом, по-друге, зв'язок із Вірменією", – нагадує політолог, голова Інституту Кавказу в Єревані Олександр Іскандарян.