Внаслідок високого вмісту йоду аміодарон здатний впливати на щитовидну залозу (ЩЗ), що варіює від зміни тестів, що оцінюють функцію ЩЗ (еутиреоїдної гіпертироксинемії), до явних порушень її функції, що розвиваються в середньому у 15% осіб, які отримують аміодарон [7].
Отже, при 12-місячному прийомі кордарону у добовій дозі 200 мг, він призводить до зміни сироваткової концентрації тиреоїдних гормонів – у 60% хворих, морфологічних УЗД-позитивних змін – у 20%, потреби у скасуванні дисфункції щитовидної залози – у 7-10%.
До основних побічних ефектів аміодарону відносяться: фотосенсибілізація, зміна кольору шкіри, порушення функції щитовидної залози (як гіпотиреоз, так і гіпертиреоз), підвищення активності трансаміназ, периферичні нейропатії, м'язова слабкість, тремор, атаксія, порушення зору.