Спочатку Гайдн обіймав посаду віце-крапельмейстераОднак він відразу ж був допущений до керівництва більшістю музичних установ Естерхазі, нарівні зі старим капельмейстером Грегором Вернером, який зберіг абсолютні повноваження тільки для церковної музики.
Його батько, Матіас Гайдн, був музикантом-фольклористом, а мати придворною куховаркою в замку місцевого аристократа. Батько сприяв тому, щоб обоє брата вчилися співу. Згідно з деякими джерелами, Гайдн з 1745 був співочим у капелі собору св. Стефана у Відні, який залишив у 1754 році.
Композитор Франц Йозеф Гайдн є автором 24 опер, написаних у 70-х – 80-х роках XVIII століття Гайдн очолював трупу придворного театру князя Миколи Естерхазі, який показував до 150 вистав на рік.
Почесний доктор Оксфордського університету (1791), член Шведської королівської музичної академії (1798), почесний громадянин м. Відень (1804), почесний член Музичного товариства м. Лайбах (нині Любляна, 1804), Філармонічного товариства в Петербурзі (180).